国民经济核算的原则和方法来源于微观会计，会计核算为国民经济核算提供了基本的方法论。在宏观意义上，可将国民经济核算理解为一种宏观会计核算，但它又不是微观会计核算的简单汇总，二者之间既有联系也有区别。

　　两者的联系一是主要核算内容相同。国民经济核算和会计核算都是对一定核算对象的生产、收入分配、消费、投资、资产负债等方面进行记录。会计核算为国民经济核算提供了大量的原始资料，没有会计核算数据支持，国民经济核算就缺乏必要的数据基础，也就难以独立存在。二是核算原则相同。国民经济核算和会计核算对各种交易的记录都遵循权责发生制原则，即交易在债权债务发生、转移或取消时记录。权责发生制原则意味着交易在其实际发生时记录，而不是在相应的资金流入与流出时记录。三是核算方式相同。国民经济核算和会计核算均以账户式平衡表形式对每一笔交易进行记录。

　　两者的区别。一是核算对象不同。会计核算一般以微观实体即法人作为核算对象，而国民经济核算则以整个国民经济作为核算对象。当然，每一个法人单位都是国民经济的组成部分。二是计价方法不同。按照惯例，会计核算通常按历史成本即交易发生时的实际价格对生产中使用的资产和货物进行计价。而国民经济核算为了更有效地服务于经济分析和宏观政策制定，采用了经济学机会成本的概念，按核算期市场交易价格或重估价进行核算。三是核算概念存在差异。会计核算按历史成本核算，虽然保证了其客观性，简便易行，但难以反映通货膨胀等因素的影响。而国民经济核算考虑了机会成本，对各种交易的处理更有现实性。当存在通货膨胀时，由于会计核算与国民经济核算对生产中使用的资产和货物估价方法不同，使同一交易的核算结果不一致。比如，按历史成本估价生产投入，会计核算的利润也许比国民经济核算中的营业盈余要大得多，为了避免混淆，国民经济核算使用“营业盈余”术语表述，而没有直接采用会计核算的“利润”概念。四是部分核算内容存在差异。会计核算的内容是一个经济实体内能以货币计量的经济交易。国民经济核算的范围是经济主体的经济活动，其核算内容要比会计广泛得多，如自然资源与人力资本实物量核算显然不是目前会计核算的内容。